Por 1552, siendo alcalde mayor de Acajutla don Gonzalo de Alvarado, a instancias de don Antonio Rodríguez se obtuvo autorización para poblar una villa de españoles, con apariencia urbana con la denominación “Villa del Espíritu Santo”.
A partir de entonces, el departamento ha tenido varios nombres, entre los que figuran Villa de la Santísima Trinidad (1553), Zonzonate (1571), Cenzonatl (1576), Zonzonate (1586), Zonzonatle (1594),

Zenzontlat (1806) y Sonsonate (1853-1859). Tres siglos después, el 1 de abril de 1823 obtuvo el título de Ciudad, y el 12 de junio de ese mismo año se denomina la cabecera con el mismo nombre del departamento.
Sonsonate significa unos cien ríos o riachuelos, o lugar abundante de agua, por provenir de las raíces tzentsum, cenzum: innumerables, muchos, cuatrocientos; a, at: agua, río, riachuelo.